Vào ngày 14 tháng 9, một thủ lĩnh của Thiên Lý Giáo là Lâm Thanh cho khoảng 200 tín đồ cải trang thành thương nhân vào thành Bắc Kinh. Trưa ngày 15, các thái giám Lưu Đắc tài, Lưu Kim, Trương Thái, Cao Nghiễm Phúc và những hoạn quan khác thông đồng với Thiên Lý Giáo mở cả hai cổng Đông Hoa Môn và Tây Hoa Môn, để cho khoảng 40 đến 50 quân nổi dậy tràn vào Tử Cấm Thành qua mỗi cổng. Thị vệ Hoàng cung không phòng bị gì, bất ngờ và hoảng loạn. Nhóm quân nổi dậy tiến vào qua Tây Hoa Môn nhanh chóng đánh đến bên ngoài Long Tông Môn, là cổng dẫn trực tiếp đến Dưỡng Tâm Điện và Tây Lục Cung[5]. Quan binh nhà Thanh rút vào đóng chặt cổng Long Tông Môn cố thủ, các tín đồ Thiên Lý Giáo sau đó trèo tường vào mở cổng Long Tông Môn rồi đánh thẳng đến tận Dưỡng Tâm Điện là nơi ở của Hoàng Đế Gia Khánh. Mặc dù Gia Khánh lúc đó không ở trong cung nên phiến quân không thể hành thích được Hoàng đế, Dưỡng Tâm Điện nằm ngay sát Tây Lục Cung, nơi các Hậu Phi của Gia Khánh sinh sống, trong đó gần nhất là Vĩnh Thọ cung của Như Phi, rồi đến Dực Khôn cung của Hàm Quý Phi và Trữ Tú cung của đương kim Hoàng Hậu.

Tin tức nhanh chóng lan truyền đến tai các chủ tử ở hậu cung, tiếng la hét chém giết khiến họ khiếp sợ. Cùng lúc đó, họ lại nhân thêm một tin xấu khác: tướng Sách Lăng, lãnh đạo thị vệ của Ngọ Môn, sau khi nghe tin Thiên Lý Giáo đánh vào đã bỏ chạy. Hoàng hậu Nữu Hỗ Lộc thị liền cho người đi báo tin cho các hoàng tử và hoàng tôn đang học tại Thượng Thư phòng. Người đầu tiên đi cứu giá Hoàng nhị tử Miên Ninh, con trai của Hiếu Thục Duệ Hoàng Hậu, sau này là Hoàng đế Đạo Quang. Hoàng nhị tử nghe tin liền cầm theo súng ngắn và dao, lãnh đạo các quan binh đến tới Dưỡng Tâm Điện nghênh địch và bảo vệ Hậu cung. Sau khi tự mình bắn chết hai thủ lĩnh Thiên Lý Giáo và đánh bật quân nổi dậy khỏi Dưỡng Tâm Điện, Miên Ninh xuống năm đạo lệnh: thứ nhất, lập tức cử người đi báo cho Gia Khánh đế, lúc đó đang ở ngoài Bắc Kinh, thứ hai, lệnh cho quan binh vào cung cứu giá rồi đóng hết bốn cổng Tử Cấm Thành để bao vây quân nổi loạn bên trong. Thứ ba, cử Hoàng tam tử Miên Khải đến Trữ Tú cung bảo vệ Đích mẫu Hoàng hậu Nữu Hỗ Lộc thị. Thứ tư, tự mình dẫn quân đi tuần tra ở quảng trường phía Tây, và thứ năm, cho thị vệ đi tuần tra ở quảng trường phía Đông, gần Trữ Tú cung đề phòng bất trắc.

Đến chập tối, dưới sự tấn công của hơn 1000 quan binh được trang bị tốt cùng với đội súng, cuối cùng các tín đồ Thiên Lý Giáo không thể chống lại được, phải rút chạy khỏi Tử Cấm Thành, hàng chục quân nổi loạn bị tiêu diệt tại Võ Anh Điện.

Quân Thanh sau đó đã đột kích các cơ sở của Thiên Lý Giáo ở các quận Đại Hạnh và Thông Châu ở Bắc Kinh, giết chết hơn 700 người chỉ trong 4 ngày, thủ lĩnh Lâm Thanh bị bắt sống vào ngày 17 tháng 9 rồi bị xử tử. Quan binh nhà Thanh sau đó tiếp tục mở rộng truy quét Thiên Lý Giáo ở các tỉnh khác, Lý Văn Thành dẫn 4000 quân chạy đến huyện Huy thì bị bao vây, cuối cùng tự tử bằng cách tự thiêu. Để tiếp ứng với cuộc nổi dậy của Lâm Thanh ở Bắc Kinh, các thành viên của Thiên Lý Giáo ở các tỉnh Trực, Lộ và Dự cùng với hàng chục quận ở Bắc Trung Quốc đã cùng nổi dậy khởi nghĩa, tuy nhiên, do sự chênh lệch lực lượng với quân đội của triều đình nhà Thanh, họ đã thất bại trong vòng nửa năm và các nhà lãnh đạo nổi dậy đều bị xử tử. Năm Gia Khánh thứ 18 (1813) là năm của Quý Dậu, vì vậy sự kiện này được sử gọi là "Biến loạn Quý Dậu".[6]